Посадочная система 
  Клипер будет приземлятся при помощи трех главных неуправляемых парашюта и нескольких твердотопливных двигателей, которые были бы запущены незадолго до посадки .
После приземления заменяются только удобосъемный тепловой экран, парашют и двигатели мягкой посадки.
Крылатая версия
  В ноябре 2004,РКК Энергия представила крылатую версию космического корабля Клипер , разработанную совместно с ОКБ Сухого, . Новая конфигурация позволит Клиперу увеличить диапазон его бокового маневра с 500 до 2,000 км и закончить полет практически на любой орбите с приземлением на взлетно-посадочной полосе. Однако САС при аварии на носителе требовалось бы пилотируемое приземление в аэропорту, вместо относительно простого спуска на парашютах в любое доступное место.
Модульная конструкция
  О ней стало ясно в ноябре 2004, так как отсек экипажа космического корабля Клипер способен совмещатся либо с несушим корпусом , либо крылатым фюзеляжем ВА, а они спроектированы , как отдельные модули. Такая конструкция позволит поэтапное развитие КК, сначала как несущего тела, затем как крылатого космического корабля.
Переосмысливание Клипера ... опять
  В течении осени 2005, РКК Энергия , разработчик пилотируемого космического корабля России следующего поколения , перенацелилось на новую переработку корабля Клипер. Это было бы третье существенное изменение конфигурации космического корабля.
  Самый последний проект включает не одно, а два транспортных средства: планер Клипер и Паром( орбитальный грузовик ) -это новый элемент системы , который будет запускаться отдельно. Разделение космического корабля на два независимых сегмента сделало бы их пригодными для запусков на модифицированных ракетах Союз 2-3.
   Также РКК Энергия прорабатывает запуск Клипера на борту т ракете-носителе Зенит-2 или будущепостроенной ракете Ангара .
  Большим плюсом использования ракет Союз-2-3 был бы запуск их с космодрома ЕКА во Французкой Гвиане это даст дополнительные возможности для выведения полезного груза на орбиту, благодаря выгодному географическому положению космодрома.
  Беспилотный орбитальный грузовик Паром , неся двигательную установку для орбитального маневрирования и дополнительные жилые модули , будет запушен до Клипера. затем после запуска Клипера , два транспорта состыкуются, при этом Паром обеспечит орбитальное маневрирование , управление ориентацией , стабилизацией в пространстве и стыковкой, необходимой, чтобы достигуть космической станции или более высоких орбит. При завершении полета Клипер возвращается на Землю, а Паром с запасом топлива остается бы на орбите , ожидая следуюшего рейса.
  Модульная конструкция космического корабля Паром добавила бы потенциал для практически неграниченного обновлея транспортов на орбите. Как видно связка Клипер-Паром могла бы стать главной для пилотируемого исследования Луны и даже Экспедиции на Марс.