Система запуска
  Согласно первоначальным планам , Клипер был бы запущен на ракете-носителе Онега(тяжелой модификации ракеты Союз )без полезного груза,но со спасательной капсулой . Экстренная система спасения , аналогична установленной на космическом корабле Союз , которая способна вытолкнуть капсулу экипажа далеко от носителя на любой стадии выведения на орбиту.
  Успешное развитие ракеты-носителя Онега и запуск ее инфраструктуры был бы одним из наиболее амбициозным и дорогостоящим мероприатием.
  Но  из-за не возможности финансирования Онеги , РКК Энергия рассмотрела возможность использования ракеты-носителя Зенит . Это наиболее продвинутая ракета Советского космического флота , но ,к сожалению , Зенит был фактически убран из Российской космической программы , так как главный его изготовитель остался на Украине. К августу 2004 компания " перевела" Клипер на Зенит . Космический корабль при этом должен был потерять1,5 тонны от его общей массы и около 1 тонны от массы спускаемой капсулы. Кроме того для эффективно использования двинателя САС , традиционный большой твердотопливный ракетный двигатель на носу корабля заменили на восемь маленьких на корме, а значит после отделения от ракеты-носителя они, включаясь попарно смогут в четыре этапа довывести корабль на опорную орбиту, не пугая экипаж и пассажиров огромными «САСовскими» перегрузками.

Орбитальные операции
  Клипер в автономном полете способен доставить экипаж и груз на космическую станцию или перевезти двух пилотов и четырех пассажиров, включая туристов . Специальный съемный жилой модуль , частично заимствованный из космического корабля Союз, помещен позади возвращаемого аппарата (ВА)(тогда как в Союзе размещен перед ней ) и будет содержать средства ЭВМ, тулет и другие системы. Также , жилой модуль, будет окружен торорообразным обслуживающим модулем, , содержащим системы орбитального маневрирования , орентирования и систему электорпитания с солнечными батареями. При возвращении на землю комбинированый жилой / обслуживающий модули могуть быть отброшены от возвращаемого аппарата после торможения , как это происходит на космическом корабле Союз . 
Возвращение
  Первоначально выпущенная конфигурация нового космического корабля была спроектирована как "несущий фюзеляж ", которий обеспечивал бы эффективную аэродинамическую силу подъема при вхождении в атмосферу . В результате , корабль должен будет проводить боковой маневр при возвращении на Землю, в отличии от традиционной спускаемой капсулы.
  Клипер будет иметь два вертикальных и один горизонтальный подвижные рули на его хвосте, что позволит аппарату планировать до 500 км влево и вправо от маршрута его орбиты, с G-нагрузкой не превышающей 2 и температурой обшивки в наиболее критической точке на носу не боле 3,000K.
  Космический корабль будет содержать систему теплозащиты, взятую из программы Буран и из космического корабля Союз . Некоторые секции системы теплозащиты , как например носовая секция со стыком для ВА ,система электропитания, двигатели мягкой посадки, парашютная система не будут повторно использоваться.